Qual computador usar para analisar dados do MinION ?
Alinhamentos locais
RESUMO
Nessa aula abordamos um pouco sobre alinhamentos locais e os algoritmos Smith-Waterman e BLAST. A idéia de alinhar localmente para que serve esta técnica.
Alinhando sequências com EMBOSS
RESUMO
Nesta aula, nós iremos realizar alinhamentos globais na prática utilizando o pacote EMBOSS. Para realizar a prática no Windows, você deve instalar o subsistema do UBUNTU, seguindo o tutorial (https://www.youtube.com/watch?v=urxYdrv__qE).
Alinhamentos globais
RESUMO
Nesta aula abordamos sobre alinhamentos de sequências de RNA e DNA utilizando o algoritmo Needleman Wunsch. Os alinhamentos são procedimentos fundamentais para muitos procedimentos de bioinformática e foram introduzidos nesse vídeo.
Coletando biodados públicos
RESUMO
Na quarta aula da nossa série de bioinformática, exploraremos outros bancos de dados biológicos como por exemplo o UNIPROT, PDB e o LeishSB. A idéia dessa aula é mostrar outros bancos importantes para a área de bioinformática. Consolidando assim o conhecimento para conteúdos futuros do curso.
Buscando dados no NCBI
RESUMO
Nessa aula exploraremos um pouco mais o NCBI e os seus dados. Utilizando melhor a interface do Entrez e alguns detalhes desse repositório. Para isso seguiremos o roteiro de prática disponível no site da UFBA no seguinte link: http://www.genebio.ufba.br/wp-content/uploads/banco_dados.pdf
Bancos de dados biológicos
resumo
Essa vídeo aula aborda a temática de bancos de dados biológicos públicos. Como ter acesso a esses dados e realizar o download para análises e etc.
O artigo para discussão será o:
Hospital, A., Andrio, P., Cugnasco, C., Codo, L., Becerra, Y., Dans, P. D., … Gelpí, J. L. (2016). BIGNASim: a NoSQL database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data. Nucleic Acids Research, 44(Database issue), D272–D278.
LINK para download: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4702913/pdf/gkv1301.pdf
Introdução a bioinformática
RESUMO
Esta é a primeira aula do curso de Introdução a Bioinformática do nosso blog. O objetivo dela é abordar conceitos básicos de genética e biologia para iniciantes na área: Estrutura de DNA, Organização geral do genoma humano e um pouco da sua história. Ficou longo o vídeo mas é essencial para o entendimento dos demais e o desenvolvimento na área.
